Министерство природных ресурсов и охраны окружающей среды Удмуртской Республики создано в соответствии с распоряжением Председателя Правительства УР от 29 мая 1995 года. В структуру Минприроды УР изначально вошли Государственный комитет по охране окружающей среды, Комитет по водному хозяйству, Комитет по недрам и Удмуртская инспекция по охране и воспроизводству рыбных запасов и регулированию рыболовства.

Появление нового министерства ликвидировало ведомственную разобщенность органов власти, отвечающих за рациональное использование природных ресурсов и охрану окружающей среды.

В 1998 году было создано Министерство природных ресурсов Российской Федерации, структура которого в точности соваодала со структурой Минприроды УР.

В 2000 - 2013 годы много раз перераспределялись полномочия между федеральными и республиканскими органами власти, в связи с чем, происходили частые реорганизации структуры Минприроды УР.

В 2014 году проведена реорганизация Министерства природных ресурсов и охраны окружающей среды Удмуртской Республики путем присоединения к нему Управления охраны фауны Удмуртской Республики.

31 января 2018 года Министерство природных ресурсов и охраны окружающей среды Удмуртской Республики реорганизовано путем присоединения к нему Министерства лесного хозяйства Удмуртской Республики.